Passionné par l’enseignement, il est depuis 2014 professeur d’orgue au CRR de Lyon. Il est invité chaque année depuis 2015 par l’Académie Musicalta pour donner cours sur l’orgue Callinet de Rouffach et des orgues historiques de la région.
En septembre 2015, Lionel Avot est nommé conseiller musical pour l’orgue par Radio France (nouvel instrument signé Grenzing inauguré en mai 2016). Il y est en charge de la programmation des concerts.
Organiste assistant depuis 2004 auprès de Liesbeth Schlumberger à l’orgue Mutin Cavaillé-Coll de l’Eglise de l’Etoile à Paris, il participe à la programmation et l’organisation des « Rendez-vous musicaux de l’Etoile ».
Il donne des concerts à Paris (Cathédrale Notre-Dame de Paris, Saint-Sulpice, la Madeleine, Saint-Etienne-du-Mont, Notre Dame d’Auteuil, Saint-Thomas d’Aquin, Saint-Gervais, Saint-Louis-en-l’Ile…) mais aussi ailleurs en France. A l’étranger, il joue notamment à deux reprises à l’église du Dôme à Riga (Lettonie), en Allemagne (église Saint-Jean de Lüneburg, Hambourg, Sarrebruck, Wiesbaden, Pfungstadt, Suhl, Langenhorn…) et au Festival d’Asiago (Italie ; 2019). Régulièrement invité depuis quelques années au Japon, il effectue des tournées de concerts qui lui permettent de jouer à Tokyo (Suntory Hall, Tokyo Opera City, Chapelle de l’Hôpital St Luke, Cathédrale de Tokyo, Lilia Concert Hall, Temple de Tsukiji, églises de Sakuradai et de Reinanzaka), mais aussi à Yokohama (Minatomirai Concert Hall), Fukuoka, Mito, Shizuoka, Karuizawa…
Passionné par la musique contemporaine, il interprète des partitions de ses contemporains telles que In memoriam Thaddée In pour orgue et percussions asiatiques de Jacques Pichard à l’église Saint-Louis-en-L’Ile (Paris) ou encore Hana no Uta de Takeshi Kondo au Temple bouddhiste de Tsukiji (Tokyo). En 2010, il crée le Choral d’Yves Lafargue à Saint-Antoine des Quinze-Vingts à Paris et, en mai 2015, la Suite du même compositeur à la Cathédrale de Nanterre. En août 2017, il crée le Choral Liesbster Jesu de Hina Sakamoto à la Ferris University de Yokohama (Japon). En 2019, il interprète la Sonate n°4 de Jean-Pierre Leguay (composée en 2016) au Japon.
En mars 2023, il crée à l’Eglise de l’Etoile (Paris) une partition du jeune compositeur Federico Perotti : « Lineamenti notturni di un bosco » avec son complice Claudio Pasceri au violoncelle.
Il signe en 2011 son premier enregistrement avec des œuvres de César Franck à l’orgue Puget de l’église Notre-Dame de la Dalbade à Toulouse (www.editionshortus.com ; réf. H. 083).
Ce disque est salué dans la presse : « Un jalon de la collection (…) Une vraie réussite, longuement mûrie, (…) une interprétation pleine, sensible et colorée. » (Gérard Condé Le Monde) ;
