Markus Schäfer a étudié la musique sacrée et le chant à Karlsruhe et à Düsseldorf avec Armand Mc Lane. Après des études au studio Opéra de Zurich, il y fait ses débuts. Il est alors engagé en tant que membre de l’Opéra d’État de Hambourg et de l’Opéra allemand du Rhin à Düsseldorf.
Markus Schäfer a effectué des tournées de concerts avec les plus grands orchestres, opéras et festivals. En tant que ténor lyrique, il a acquis une réputation impressionnante comme soliste dans les opéras de Wolfgang Amadeus Mozart, dans les Passions de Jean-Sébastien Bach et dans les grands oratoires du XIXe siècle.
Il a travaillé avec des chefs tels que René Jacobs, Sigiswald Kuijken, Frans Bruggen, Philippe Herreweghe, Paul McCreesh, Kent Nagano et Kirill Petrenko.
En tant qu’interprète, Markus Schäfer a connu un grand succès à New York (Lincoln Center), à Vienne, aux Festivals Schubert de Feldkirch et à Schwarzenberg, au Wigmore Hall de Londres et au Heidelberg Spring Festival.
Ses enregistrements sur CD ont été récompensés par de nombreux prix dont un Grammy pour la Passion selon saint Matthieu sous la direction de Nikolaus Harnoncourt. Plusieurs productions radiophoniques documentent le large spectre de son répertoire, qui comprend, outre des œuvres baroques, classiques et romantiques, des oeuvres de compositeurs contemporains dont notamment Wolfgang Rihm et Wilhelm Killmayer.

Depuis 2008, Markus Schäfer est professeur de chant à Hanovre à la HMTM Hochschule für Musik, Theater und Medien de Hanovre en Allemagne.
Depuis lors, il a tenu de nombreuses masterclasses et a été notamment professeur invité associé spécialement pour le Lied allemand, l’oratorio et le répertoire baroque en Pologne à l’Akademia Muzyczna de Cracovie de novembre 2015 à mars 2017.
Il a été invité à la Musikhochschule HMTM pour organiser une classe de maître sur le thème des lieder de Franz Schubert Lieder en collaboration avec les classes Hammerflügel de Tobias Koch.
Il dirige également régulièrement des cours d’oratorio à la HMTM.

Markus Schäfer a été membre du jury invité dans de nombreux concours de chant, dont le Deutscher Hochschul-Musikwettbewerb Mendelssohn-Bartholdy à Berlin ; le 5ème Concours international de chant Vokal Genial à Munich et le Concours Nina Solo à Bergen en Norvège.

Beaucoup de ses propres étudiants sont maintenant devenus des chanteurs professionnels et lauréats de compétitions internationales.